加盖电子印章的PDF文件与其它文档合并时会出现电子印章消失的情况，想合并后的申请材料正常显示电子印章，按照以下步骤操作：
1. 打开下载好的可信电子凭证PDF文件；
2. 选择虚拟打印功能，将文件另存为新的PDF文档；
3. 将打印生成的新PDF文件，与其他申请佐证材料合并；
4. 完成后打开查看，电子印章即可正常显示。

提交各类申请材料时，一定要保证电子证明的有效性和规范性，按照正确方法合并文件，避免因印章失效影响申请进度。